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路线A的主角，一个即将告别纯真的少年。 在双胞胎妹妹失踪两年后，日向过着沉闷的校园生活。他情绪低落，毫无目标，直到收到一条据称已死妹妹发来的神秘短信，他的人生彻底改变。

日向的青梅竹马兼同班同学，总是纠缠他，让日向颇为头疼。当日向开始寻找梦月的下落时，她主动提供帮助。她明显暗恋着日向。

年龄（失踪时）：13岁。 日向体弱的双胞胎妹妹。失踪前，除了近亲之外，她几乎没有其他社交往来，大部分时间都花在电脑上。

京花高中的校医。作为少数日向愿意交往的人之一，她常充当日向的倾诉对象。 她也是网络大型多人在线角色扮演游戏《巴比伦》的创造者阿努，及其管理机构“阿努纳奇”的前任领袖。

一个神秘陌生人，出现在意想不到的地方，浑身充满谜团。 网络RPG《巴比伦》管理机构现任负责人，也是该游戏的创始成员之一。同时是恐怖组织“Code”的领袖。真名是出云司。

路线D的主角，一个健壮的男人。 都市传说的孤身黑客。其姓名和来历未知。不留痕迹的做法让许多人怀疑他是否真的存在。 为了心爱之人的死而复仇，“He”拼命地继续与“那个组织”战斗。 配音：羽仪道彦。

路线C的主角，一个孤独站立的年轻女子。 她在寻找某个重要的人。 与路线B的伊什塔尔相比，她显得相当冷淡且疏离。 她实际上是篠塚真佑实，在Code袭击eXarch东京分部后，“Criminal”中唯一幸存的成员。她决定在原本的伊什塔尔死后继承其形象和人格。

路线B的主角，一个被同伴追随的年轻女子。 黑客团队“Criminal”的魅力领袖。性格开朗，同时也是出色的交际能手，名副其实地赢得同伴们的无条件信任。 在路线B 1.0的结尾，她被“He”意外困在充满毒气的走廊而身亡。她的意识脱离身体，化作有感知的数据（“Shadow Null”），与Criminal的其他成员一起。

黑客团队“Criminal”的忠实成员。 担任团队的系统协调员。经常与浩介意见不合。

浩介是Criminal唯一的男性成员，经常成为其他成员开玩笑的对象。他是唯一没有脑芯片的成员，因此常常负责“暴力破解”等不太需要技巧的任务。 他具有强烈的正义感，是团队的“耀眼白骑士”。

eXarch的员工，巴比伦开发团队的前成员。